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Seurat中FindMarker寻找两个cell type差异基因的若干方法加载示例数据 1.运行Seurat 2.差异分析计算logFC值 其中：对象 cells cells包括两种cell type的细胞barcod...
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Seurat各个对象指代内容关于表达矩阵 其中， 表示的是raw counts，是cellranger或者其他计数软件得到的原始count文件； 这一步得到的是经过文库标准...
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单细胞转录组及空间转录组学习资源
(1). 单细胞上游软件cellranger：单细胞上游软件cellranger从头说[https://www.jianshu.com/p/9a...
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单细胞分析文献分享《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》[https://www.natur...
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《Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data》单细胞流程这篇文献是今年12月份发的，也就是一个星期前，是刘小乐教授推荐阅读的 推特地址： 本篇文章讲解了单细胞RNA-seq的一般分析流程，当然文中还推...
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从10X单细胞bam文件中提取某一个细胞类型的bam
我们之前简单做了一下cellranger的上游分析单细胞上游软件cellranger从头说[https://www.jianshu.com/p/...
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分享个单细胞配受体互作强度的计算方法
前言 这一块涉及到细胞通讯的内容，那么目前定义细胞通讯利用的是细胞配体，受体蛋白互作来定义的，这里盗取一张示意图（图片来自百度） 联想到单细胞数...
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单细胞RNA-seq去除批次效应这是一篇2018年发表在NBT上的文章，讲述的是两套单细胞数据如何去除批次效应 文章链接： 前言 由于不同的实验室，以及各个技术人员手法不同，在...
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monocle 轨迹图改颜色我们在采用monocle做细胞拟时序分析的时候，常常会不满意于原图的配色，而软件自带的配色是根据降维后分出的cell type进行颜色的分类的 ...
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