16篇文章 · 17586字 · 19人关注
-
8. 非度量多维尺度分析非度量多维尺度法（NMDS）是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。...
-
7. vegan包进行PCoA分析和可视化简介 PCoA分析，即主坐标分析（principal co-ordinates analysis），是一种非约束性的数据降维分析方法，可用来研究...
-
6. 基于OUTs/ASVs的距离计算
简介 生态相似性(Ecological resemblance)以计算样方之间的群落组成相似程度或相异程度(距离)为基础，是处理多元生态数据的基...
-
4. 优势物种展示简介 优势物种展示。 数据样式：常见丰度表，列为样本，行为物种，交叉区域为各物种在各样本中的丰度。 一般堆叠柱状图 一般选取top10—top1...
-
5. 基于OTUs的alpha多样性指数计算和可视化简介 1. 物种丰富度指数(Species richness)：群落中丰度大于0的物种数之和，一般用Observed OTU(observed ...
-
3. 共有特有OTUs/ASVs展示简介 维恩图和UpSet图均可用于集合共有和特有元素信息可视化，如果分组数小于等于5时，推荐用维恩图进行展示；当分组数大于5时，推荐用Upset...
-
2. 数据总览简介 通过Rank Abundance曲线、稀释曲线、物种累积箱形图(species accumulation boxplot)和物种堆叠柱状图...
-
1. 简介和数据预处理
简介 16S rRNA位于原核细胞核糖体小亚基上，包括 10 个保守区域(Conserved Regions)和 9 个高变区域(Hyperva...
-
曼哈顿图展示差异OTUs简介 曼哈顿图(Manhattan Plot)本质上是散点图，一般用于展示大量非零的波动数据，散点在y轴的高度突出其属性异于其他低点:最早应用于...
文集作者
