9篇文章 · 5252字 · 1人关注
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DoubletFinder 去除双细胞
1. 参考资料 https://mp.weixin.qq.com/s/ybr1rK5CcC-BfDKUYxKcNw https://www.ji...
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单细胞数据挖掘3-clustering1. 写在前面 参考教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. Normalization, ...
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单细胞数据挖掘2-QC1. 写在前面 参考教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. 搭建环境 在 Rproj 的位...
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单细胞数据挖掘1-bam-fastq-matrix
1. 写在前面 数据集介绍测了 LK 和 LSK 细胞的 scRNA-seq，但是作者定义 LK 的方法比较奇怪，之后会把“LK”中 sca-1...
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too-many-cells 学习笔记1. TooManyCells 简介 TooManyCells 是由宾夕法尼亚大学的 Gregory W. Schwartz 等人开发的一种聚类...
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10X单细胞转录组下游流程-4-差异分析及可视化1. 准备数据 2. 构建monocle对象 3. 过滤质控 4. 聚类 4.1. 判断使用哪些基因进行细胞分群 黑色的点是会被选用的基因 4....
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10X单细胞转录组下游流程-3-亚群注释1. 读取数据 2. 按时间点分组画图 可以看到每个群中基本都有四个时间点的细胞 3. 标识感兴趣的基因 4. 亚群注释 5. 不同时间点分开画图
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10X单细胞转录组下游流程-2-分群及可视化参考笔记：https://www.jianshu.com/p/ab0a92f905b3 1. R实现进度条和并行运算 在正式开始之前插这么一则题...
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10X单细胞转录组下游流程-1-整合多个cellranger结果1. 写在前面 因为后续的课题以及下一次的JC都准备做单细胞的，所以开始学习单细胞转录组的下游分析。 又因为7月在珠海跑过一次基于Seurat ...
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