生物信息流程 - 文集

生物信息流程

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不同版本基因组注释转移工具
https://github.com/agshumate/Liftoff[https://github.com/agshumate/Liftof...

0.3 1234 0 2
samtools reads 过滤
Filter Alignments for unmapped pairs An unmapped read whose mate is mapp...

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转录组表达量标准化算法RPKM、FPKM、CPM、TPM、TMM、DESeq2’s median of ratios间的差异

0.2 5358 1 4
RNAseq pipline: Hisat2 samtools featureCounts DESeq2
花了两天整理的RNAseq pipline 分享出来，供学习参考，同时也听听大家的建议。RNAseq pipline: Hisat2 -> sa...

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使用modeltest-ng和raxml-ng构建ML系统发育树
虽然简单，但绝对首发……该给自己的系统发育构建流程升级了，新版本软件不仅速度快，而且对用户友好！ modeltest-ng 的速度是真的飞快！m...

3.0 9367 14 21
根据SRA登录号从Ensembl下载测序数据
背景上次提到根据SRA登录号从NCBI下载原始数据，是利用shell脚本下载测序数据，但是经常能碰到一些数据没有在NCBI收录，这时候一般是在...

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根据SRA登录号从NCBI下载原始数据
1.介绍介绍数据下载的方法有很多，相关介绍内容也很多。1.NCBI的sratoolkit 工具集中的prefetch、fastq-dump和s...

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