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理论 | edgeR -- TMM normalization 详细计算过程
最近在看差异分析当中原始read counts是如何被校正的，自然就不会放过差异分析的经典之一 —— edgeR. edgeR使用的校正方法称为...
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理论 | DESeq2 normalized counts -- Median of ratios method在做基因差异表达分析时，经常会用DESeq2这个包，但一直没有深究其分析的统计流程。因此，在这里记录一下DESeq2校正基因表达的方法 -- 比...
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sortmerna 去除rRNAsortmerna是一款检测文库中rRNA含量，并去除rRNA reads的软件。当怀疑文库中包含的rRNA比例较高时，这款软件可以派上用场。以...
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理论 | 简述RPKM，FPKM，TPM在高通量测序数据的分析中，仅仅靠raw read counts描述基因的表达量是远远不够的。受限于测序过程中的技术因素影响，read count...
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简单的转录组差异基因表达分析 -- edgeR经典的转录组差异分析通常会使用到三个工具limma/voom, edgeR和DESeq2， 今天我们同样使用一个小规模的转录组测序数据来演示ed...
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简单的转录组差异基因表达分析 -- DESeq2经典的转录组差异分析通常会使用到三个工具limma/voom, edgeR和DESeq2。今天我们就通过一个小规模的转录组测序数据来演示DESe...
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R实战 | TCGA数据挖掘复现--BRCA篇本文写于观看生信技能树公众号（vx: biotrainee）的七步走纯R代码通过数据挖掘复现一篇实验文章（第1到6步）[https://mp.w...
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R实战 | 用R也可以完成的RNA-Seq分析-1学习最好的方式就是分享。 最近看到一个在R上进行的RNA-seq 分析流程，恰好自己也有过RNA-seq分析的经验，所以就想结合以前的经验分享这...
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R实战 | 用R也可以完成的RNA-Seq分析-2Pre-processing 本文将要介绍的是在R中进行RNA-seq 数据预处理的实战代码原文地址：https://bioinformatic...
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