转录组学习笔记 - 文集

8篇文章 · 19985字 · 8人关注

比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。S...

4.8 41978 19 48
GSEA学习笔记
春节后的第一次写学习笔记，还是要提醒大家没事别聚集、别聚集、别聚集！重要的事情说三遍！前几天看到公众号里写了GSEA的文章，虽然我之前跟着很多...

3.9 11560 11 71

理解SAM文件格式以及过滤sam文件
RNA-seq或者ChIP-seq等等测序的上游分析流程里的比对步骤相信大家都知道，我之前也只是按照各种教程去走流程，并没有仔细的研究过每一步的...

1.6 14108 1 32
几种标准化方法的学习笔记
不管在RNA-seq还是ChIP-seq分析中，都涉及到一个概念，就是标准化。作为一个刚入门的小白，总是听王院长和其他熟悉生信分析的同学们强调标...

3.9 7888 36
生物信息的文件格式解析（转自基因学苑）
好文当然要转，分享给所有需要的盆友们。。。生物信息本质上是利用生物软件处理生物数据，不过在执行的过程中就变成了各种文件格式的相互转换。有生物信...

0.8 941 0 6
RNA-seq练习第三部分（DEseq2筛选差异表达基因,可视化）
DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart) DESeq2对于输入数据的要求1.DEseq2要求输入数据是由整数组成的矩阵。2.DESe...

4.8 31453 85
RNA-seq练习第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控,HTseq-count计数，输出count矩阵文件）
参考基因组下载有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2...

4.9 13393 73 2

RNA-seq练习第一部分（原始数据下载，提取fastq文件，fastqc质控）
原始数据来源于这篇文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50177 1...

2.0 9666 1 20