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安装使用smc++
smc++又称为smcpp,从官方github下载文件https://github.com/popgenmethods/smcpp[https:...
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群体遗传学的研究分析思路
获取到群体的二代重测序数据后，分析的步骤和思路。此处只讲大的思路和步骤，不讲具体的每一步的命令，网上搜索对应的软件会有一堆教程。 使用bwa比对...
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pixy:计算种群内和种群间的核苷酸多样性工具
pixy用于从vcf变异文件中计算pi（π）,Dxy和Fst的值。 1.使用conda安装pixy github[https://github....
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BSA分析生物学知识汇总
必读文献清单：1.2017年综述 《全基因组测序方法：优点，局限性和实用建议 》https://onlinelibrary.wiley.com/...
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结构变异SV分析(WGS/WES)和融合基因检测（RNA）
69种工具检测SV对比 https://www.jianshu.com/p/85ff211b4b4e[https://www.jianshu....
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不利变异分析工具汇总annovar和SnpEFF内置不利变异分析工具。输出文件详细说明 https://brb.nci.nih.gov/seqtools/colex...
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SIFT4G:预测氨基酸取代是否会影响蛋白质功能
SIFT4G[https://sift.bii.a-star.edu.sg/sift4g/Commandline.html] 使用方法：1.下载...
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picard:处理HaplotypeCaller断点的问题--gatk提取指定染色体vcf文件
使用GATK4 call snp时总会出错。鉴于GATK4新版的不稳定性，即使有坑也得跳。这里是填坑的地方。 重要信息：所有的vcf一定不要手工...
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VCF文件的可视化：VariantQC类似于FastQC，VariantQC同样是产出html界面。VariantQC是基于GATK4开发的DISCVRSeq的其中一个java包。V...
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