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微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—关联与进化分析方法描述一、关联分析&进化关系内容及意义 a)RDA/CCA分析 基于对应分析发展而来的一种排序方法，又称多元直接梯度分析。RDA是基于线性模型，C...
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微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—差异分析方法描述一、差异分析内容及意义 a)随机森林模型（Random Forest） 一种非线性分类器，挖掘变量之间复杂的非线性的相互依赖关系。 意义：找到能...
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微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—β多样性分析方法描述一、β多样性分析内容及意义 a) 样品间距离计算 Euclidean，Bray-Curtis，Unweighted_unifrac，weight...
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微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—物种组成方法描述一、物种组成分析内容及意义 a)物种相对丰度图 根据 OTU 注释结果分别在各个分类水平：domain（域），kingdom（界），phylu...
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微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—α多样性分析方法描述
一、α多样性指数分析内容及意义 a) 群落生态学中研究微生物多样性，通过单样品的多样性分析（α[Alpha]多样性）可以反映微生物群落的丰度和...
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微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—OTU聚类与物种注释方法描述
一、OTU聚类 a)序列按照97%相似度（Identity）划分OTU，获得OTU表格，可以观测样品OTU分布情况； b)主要步骤： ①去重复，...
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微生物多样性（扩增子或16S rDNA测序）-数据处理与统计方法描述
一、数据的处理与统计 Miseq测序获得的是双端序列数据，根据两端序列的互补区域，进行拼接获得单条完整序列，同时对序列的质量和拼接的效果进行质控...
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实验报告解析及方法论—微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）
1.实验报告的主体框架内容 a)封面信息 b)项目实施信息 c)元基因组DNA提取过程及结果 d)PCR扩增过程及结果 e)样品是否成功的判定标...
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微生物多样研究—关联分析及系统发生进化关系一、关联分析 1. RDA/CCA分析 RDA或者CCA是基于对应分析发展而来的一种排序方法，将对应分析与多元回归分析相结合，每一步计算均与环境...
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