三阴性乳腺癌外显子分析（大样本727） - 文集

17篇文章 · 4263字 · 5人关注

8 GATK完整流程
总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes) 建议读或观看以下内容1 深入了解snp-calling流程2 Cloud Computing for...

0.4 1894 1 5
shell脚本批量对文件改名(名字新旧不相关)
首先，要用到数组，请先看关于数组的基础知识要求：把电脑中的SRR开头的文件名改为容易识别的Library_Name 电脑中的SRR文件如下： ...

0.3 3241 0 5

linux shell数组基础
1什么是数组：一组类型相同的数据的集合，有数值型和字符型 2 linux shell如何表示数组不管数值型还是字符串型，都是用一对圆括号表示...

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7 比对到参考基因组输出bam文件
总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes) 接下来用 BWA mem把fastq map到参考基因组 hg38 版本。比对结果直接通过管道传给s...

0.6 5800 0 4
6 RNA-seq数据和WXS数据分组及改名
总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes) 下一步，需要把RNA-seq（448个样本）和WXS(279个样本)分开进行比对，所以首先要把他们分...

0.2 1843 0 2
5 trim_galore去接头(并行处理)
总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes) 目的：想一次并行运算20个样本参考 ls SRR85182.gz | while read id;...

1.0 7525 0 8 1
4_0_5一个样本的 trim_galore去接头完整测试报告
总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes) 这部分内容本来可以放在qc部分，但太耗费时间了，故单独出来,但不列入总体编号。所以拿一个样本测试了...

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总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes)(大样本727个)
如果想看小样本的请移步全外显子测序(wes)数据分析详细流程（小样本）说明：数据分析来自Genomic and Transcriptomic ...

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3_0_4批量并行对多个测序文件进行fastqc
总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes) 这篇是质量控制fastqc和multiqc的前传。现在一共是728*2=1456个测序文件，需要全...

0.5 3633 0 5