数据挖掘学习记录 - 文集

45篇文章 · 53739字 · 10人关注

富集分析后的结果如何画chord弦状图
Chord Diagram弦状图-用来画富集分析的结果前面看的文献中，有一个很漂亮的圈图，https://mp.weixin.qq.com/s...

1.7 14299 3 31
NPC-103611中的id转换问题
关于NPC(鼻咽癌)一个数据集GSE103611的前期探索，暂且记录一下。一开始发现这个gene_assignment这个列很复杂。总结就是N...

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我还要傻傻地获取KEGG和GO富集分析通路中的基因名嘛？
今天在做富集分析的时候遇到下面的一个报错： wrong orderBy parameter; set to default orderBy = ...

1.2 11250 4 23
R里面实现生存分析非常简单
R里面实现生存分析非常简单代码来自老大github：https://github.com/jmzeng1314/tcga_example 用m...

1.7 7621 0 15
富集分析后取基因
文章是：Identification of ankylosing spondylitis-associated genes by express...

1.3 3076 0 11
GSE83521/GSE89143去除批次效应
老大在群里出的题，说感觉这个热图很诡异，然后中间我自己没有用boxplot查看数据的表达量，对于数据不能有正确的认识，导致一开始的deg的log...

4.9 12949 16 62 1
dplyr包中的inner_join、semi_join、left_join、anti_join、full_join
前⾯面已经介绍过 rbind 和 cbind 函数的⽤用法，如下:rbind : 根据⾏行行进⾏行行合并，就是⾏行行的叠加，m⾏行行的矩阵与n⾏...

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根据表达量筛选探针后，对主成分分析的PCA图有什么影响
这个数据集是来自GSE106292.关于PCA之前都是都是不是零或者是零但是肉眼不可见的矩阵，但是这次的测序数据一眼望去都是0，所以懵圈。但是老...

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简单粗暴，就是WGCNA的流程图和原理
WGCNA的原理如果不掌握的话，就很难在做WGCNA分析的过程中，利用手中的代码去修改参数，就无法得到满意的图图。所以，下面放几篇文献中的WGC...

2.2 7712 1 21