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【GWAS】关联分析中踩坑攻略
问题 全基因组关联分析（GWAS）已经是应用非常普遍的功能基因筛查方法了。但是GWAS 分析仍不可避免的存在一些缺陷，其中最大的坑有以下几点： ...
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一步一步学会撰写SNP Calling 流程（二）3.1 DNASeq 数据分析SNP/Indel 策略 策略一： BWA + Samtools /Picard + GATK 1) BWA 比对...
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一步一步学会撰写 SNP Calling 流程（一）
1. 概述 高通量测序原则上是测序深度越高越好，但是受制于测序费用，我们就需要在地深度的测序数据中开辟一片最大利用率的分析策略。 分析流程我们主...
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全基因组关联分析流程 ( 二 )
最佳线性无偏预测 (BLUP) BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) ，在线性混合模型中可以用来评估随机...
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全基因组关联分析流程（三）拿到结果后，我们对结果进行展示，一般 GWAS 的标准结果图为 曼哈顿图 和 QQ 图，作图代码如下： 数据示例入下： END
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玉米全基因关联分析 ( GWAS Analysis Pipeline )全基因组关联分析是基于数量性状连锁不平衡理论，通过表型与基因型关联分析获得影响表型性状的显著关联标记。 1. 软件 Tassel / Gaipt...
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