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如何自定义circos图的配色1.先来认识一下circos的配色体系 下载安装circos之后，在安装目录下面有一个png图片，上面显示的是circos支持的配色和字体样式。...
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vcf文件与vcftools（二）
vcftools是用来处理vcf和bcf文件的工具集，功能涵盖了过滤，数据格式转换，一些指标的统计计算，vcf文件之间变异信息的差异比较等等。 ...
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vcf文件与vcftools（一）在用于存储reads比对结果的SAM/BAM格式提出之后（2009年），用于存储变异检测结果的格式VCF( variant call forma...
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karyoploteR: 画一个测序深度分布图测序深度的分布图是很常见的一类图，可用于发现染色体片段或整条染色体的缺失或是重复。如果是缺失，测序时捕获的概率就小，最终比对呈现出来的就是有...
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小白的circos学习笔记（一）距离上次画circos图，已经4个月了，至今仍然记得当时在Linux下装Perl模块时的惨烈。最后果断选择用Windows版的，至于如何在W...
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DESeq2的基本使用DEseq预热 主要就是这几个步骤了。 1. counts: 查看每个样本在每个基因上的counts数 2. 构建DESeqDataSet 3....
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htseq-count的一个坑
已经在多个地方看到有人吐槽htseq-count了，原因就是它对bam的排序有严格要求，必须是按照reads name来排序才能运行。本着”实践...
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Mapchart: 绘制loci在染色体上的位置图Mapchart不仅能绘制高密度连锁群，还能标注QTL、绘制LOD变化曲线、不同图谱共线性比较等 功能齐全，使用简单。这次我主要学习的是用Map...
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bedtools的一个报错：Received illegal bin number xxxxx from getBin call
在Biostars上找到了原因——https://www.biostars.org/p/129072/ 原来是坐标数值太大（也可以说是基因组si...
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