基因组学研究 - 文集

基因组学研究

59篇文章 · 78635字 · 73人关注

什么年代了，还在用传统的3D-DNA？
之前使用的是3D-DNA流程做Hi-C的辅助组装，它的最大优势就是输出结果可以对接下游的JBAT(juicerbox with Assembly...

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从一则12年前的提问中学习:从配对序列联配到多序列联配
最近学习多基因组比对时，看到一则12年前在Biostars发布的提问, Programming Challange: Pairwise Alig...

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计算分子进化-搞懂PAML的正选择分析
许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positive selection), 网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析...

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如何用WGDI进行共线性分析(下)
在上一篇教程的最后，我写道「我们能够更加直观的观察到2个peak，基本确定2个多倍化事件」。这里就引出了一个问题，为什么我们可以根据peak来推...

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如何用WGDI进行共线性分析(中)
Ks可视化我们在上一篇如何用WGDI进行共线性分析(一)[http://xuzhougeng.top/archives/comparative...

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WGDI之深入理解blockinfo输出结果
blockinfo模块输出文件以csv格式进行存放，共23列，可以用EXCEL直接打开。其中16列非常容易裂解，描述如下 id 即共线性的结果...

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如何用WGDI进行共线性分析(上)
多倍化以及后续的基因丢失和二倍化现象存在于大部分的物种中, 是物种进化的重要动力。如果一个物种在演化过程中发生过多倍化，那么在基因组上就会存在一...

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MECAT2: 三代高效组装工具
MECAT2是三代测序数据PacBio的高效组装工具，是之前MECAT的改进版, 修复了之前的很多bug, 使用基于string graph的f...

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使用3D-DNA流程，结果不升反降怎么破？
之前我写过一篇利用3D-DNA流程基于Hi-C提升基因组组装，那个时候我做的项目并不多，也没有遇到坑，直到最近我用3D-DNA流程进行基因组组装...

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