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生信自学笔记
27篇文章 · 10097字 · 20人关注
  • 停更

    本想注销账号，后来随便翻了翻，还是没舍得。简书曾让我投入了很多感情，码文章也占用了我很多时间，就像自己养大的花一样，不是随便就能掐死的。停更大概...

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    火山图新画法

    整理思路：先画出中间的火山图，再画左右两张放大版的图，最后用AI将三张图拼接到一起，钢笔工具画出中间连接的小T形，同色的小矩形把连接处的实线盖住...

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    heatmap绘制

    整理出这样的group和表达谱数据，其中表达谱必须是矩阵 为热图上方的bar赋值 annotation_col = data.frame(Gen...

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    limma差异分析

    Q：该如何选择limma, DESeq2, edgeR A：各有各自应用的场景 如果是芯片数据，一般选择limma，毕竟它是处理芯片数据之王。 ...

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    TCGAbiolinks下载表达谱数据及临床数据

    加载包 library(TCGAbiolinks)library(dplyr)library(DT)library(SummarizedExpe...

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    GEO芯片数据下载及清洗

    获得平台探针注释信息 这个probe矩阵里就有详细的探针信息啦～其中第15行是gene_symbol，接下来会用到 获取表达谱数据和表型矩阵 这...

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    清洗TCGA数据

    续上一节从官网上下载TCGA数据 https://www.jianshu.com/p/406bcb11411c，我们得到了如下文件夹，每个文件夹...

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  • R包安装的几种方法

    方法一：GitHub 已知对方github的用户名 library(devtools)devtools::install_github(“nam...

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    从官网上下载TCGA数据

    不知从TCGA下了多少次数据了，每次都像失忆了一样重新研究……果然凡事都该动笔记下来 TAT本次以肝癌数据为例操作系统：MAC OS 1. 登陆...

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