15篇文章 · 26323字 · 32人关注
-
biostar handbook(十)|如何进行变异检测什么是基因组变异 基因组变异是一个定义比较模糊的概念. 所谓的变异是相对于一个完美的“参考基因组”而言。但是其实完美的“参考基因组”并不存在，因...
-
biostar handbook|如何模拟NGS测序结果
如何用软件模拟NGS数据 为了评价一个工具的性能，通常我们都需要先模拟一批数据。这样相当于有了参考答案，才能检查工具的实际表现情况。因此对于我们...
-
biostarhandbook|你真的懂mRNA-seq数据分析了嘛?mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术，一般的用法就是看看基因表达谱，寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘，也是因为RNA-se...
-
biostar handbook(九)|SAM格式及其相关工具SAM格式介绍 SAM全称是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重测序，还是转录组，还...
-
biostar handbook(八)|高通量数据分析初步：序列比对高通量短读比对工具 在过去的十几年里，随着高通量测序(HTS)成本降低，出现了各种测序概念, DNA-Seq, ChIP-Seq, RNA-Se...
-
biostar handbook(七)| BLASTBasic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tbl...
-
biostar handbook(六)| 序列联配
序列联配 序列联配是生物信息学最基础的概念，因为大多数数据分析分析策略都需要使用联配得到的信息。 举个简单的例子，假设你手头上有一些片段'THI...
-
biostar handbook(六)|正则表达式和K-mers在模式匹配中的使用模式匹配中的正则表达式和k-mer 模式匹配指的是在看似杂乱无章的系统中找到符合要求的部分。比如说你想从基因组中寻找motif，转录因子结合位点...
-
biostar handbook(五)|序列从何而来和质量控制测序仪 2017年一篇发表在Nature的综述"DNA sequencing at 40: past, present and future"介...
文集作者
