Avatar notebook default
Bioinformatics
38篇文章 · 32866字 · 6人关注
  • star: 比对RNA-seq到参考基因组获取剪切事件

    # 安装 ## 编译 ## 或者使用conda 上面从源码编译的方法太慢，或访问github网络不稳定情况下，可以使用conda； ## 检查安...

    1.1 2116 0 2
  • salmon：从RNA-seq数据中定量转录本

    Salmon 主要用于从RNA-seq数据中计算转录本的丰度。 # 安装 # 基于Salmon分析RNAseq数据 ## 获取转录组和建立索引 ...

    1.5 1329 1 8
  • Resize,w 360,h 240
    ChIPpeakAnno 注释peak

    # 1. 初步使用 运行下面几行代码，初步了解ChIPpeakAnno使用 # 2. 详细使用例子 ChIPpeakAnno使用GRanges ...

    0.5 1963 0 5
  • GFF或GTF格式转bed

    # 1. gff2bed和gtf2bed[#1-%E8%BF%99%E6%98%AF%E4%B8%80%E7%BA%A7%E6%A0%87%E9...

    1.7 11902 0 10
  • encode eclip 数据分析流程

    # 准备： 测序数据：fastq格式；RBFOX2 HepG2测序数据 - RBFOX2[https://s3-us-west-1.amazon...

    1.6 1935 1 5
  • pyBigWig处理bigwig

    pyBigWig[https://github.com/deeptools/pyBigWig]是用C编写的调用libBigWig库的python...

    1.1 2289 1 6
  • bw-python处理bigwig

    bw-python[https://github.com/brentp/bw-python]是一个包装了 Devon Ryan's bigwig...

    360 0 0
  • libBigWig处理bigwig

    libBigWig[https://github.com/dpryan79/libBigWig]是一个用于读取/解析bigWig和bigBed文...

    1.3 387 0 2
  • Resize,w 360,h 240
    Cox模型的假设

    Cox比例风险模型做了数个假设。因此，评估拟合的Cox回归模型是否能充分描述数据是很重要的。 测试比例风险假设。 检查异常值。 检测对数风险（l...

    0.5 3131 0 4

文集作者