转录组入门和进阶 - 文集

30篇文章 · 43618字 · 228人关注

使用TransDecoder寻找转录本中的编码区
TransDecoder能够从转录本序列中鉴定候选编码区。这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装，或者来自于Cufflinks或者St...

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学好统计，我10分钟就完成了别人服务器通宵才完成的分析
果子老师做过一个非常惊人的举动，用DESeq2处理1225例样本的TCGA数据，在没有使用DESeq多线程参数parallel的情况下，跑了将近...

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使用edgeR进行无重复差异表达分析
写这篇文章一部分原因是填2年前的一个坑转录组入门（7）：差异表达分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波无重复的差异表达分析, 所以专门去学...

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「单细胞转录组系列」如何从稀疏矩阵中随机提取数据进行分析
「单细胞转录组系列」如何从稀疏矩阵中提取部分数据进行分析写了根据细胞的元信息来提取数据，然后有人问我，如何进行随机抽样，这篇文章就来介绍下如何...

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「单细胞转录组系列」如何从稀疏矩阵中提取部分数据进行分析
这一篇文章是回答知识星球中一位星友的提问，她的电脑内存有限，无法直接使用所有数据，只能分析部分数据。数据来源: https://content...

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「单细胞转录组系列」如何可靠地确定公共数据集的性别
太长不看版: 文献报道XIST和RPS4Y1是区分性别的两个高可信度的标记基因，因此你没有必要去用其他性染色体上的基因去确定数据集的性别。不仅...

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「单细胞转录组系列」使用scCATCH进行聚类结果自动化注释
目前该软件只支持Mouse和Human，不支持其他物种，因此不是这两个物种的小伙伴可以不用看了。 scCATCH全称是single cell C...

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如何利用clusterProfiler获取最新的KEGG和基因对应关系
Y叔的clusterProfiler的一大优点就是能够利用最新的KEGG数据库，而不是停留在最后一个公开版的KEGG数据库(2011-5-15)...

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DESeq2的baseMean和log2FoldChange是如何得到的？
有一个朋友问了我一个问题，DESeq2的baseMean是如何计算？我最初都是认为baseMean计算的是对照组的样本标准化counts的均值。...

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