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分子模拟
34篇文章 · 27911字 · 13人关注
  • PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析轨迹

    翻译自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目标 主要是熟悉PLUMED...

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  • gromacs使用额外水模型

    在我们MD中我们有时候很少进行水模型的选择，很多时候我们对于不要求精确的体系使用spc水模型，对于相对要求精确的模型一般使用tip3p模型，对于...

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  • Resize,w 360,h 240
    Rosetta系列-FloppyTail构建蛋白柔性尾

    转载请联系，且保留链接 使用这个代码需要蛋白具有长的柔性尾，在晶体结构中是缺失的，生物化学证据表明已知结合伴侣上尾部的特定结合位点.该代码旨在模...

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  • Rosetta系列-PyRosetta安装

    PyRosetta是一个Python为基础的Rosetta交互套件。其打开了用户自定义的利用Rosetta采样方法和能量函数进行自定义建模的方法...

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  • Resize,w 360,h 240
    利用GalaxyFill补全蛋白

    GalaxyFill是一个项目用来进行对蛋白的缺失结构进行补全。其功能我觉得非常强大，比如用来进行蛋白的延长，甚至进行融合蛋白的制作。使用Gal...

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    Pymol核酸绘图

    大家都知道chimera的核酸绘图功能非常强大，一般大家理解的pymol核酸绘图功能就显得薄弱了，但是今天在看pymol的cartoon的时候无...

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    Pymol渲染（Ray）笔记

    Ray ray将会创建一个现在的框架图像的渲染（ray-traced）图像。我们平常使用pymol的时候可能就是直接ray一下出图，其实ray有...

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  • 利用OpenBabel生成多个构像

    此文感谢建民兄的指导，才让我学习到这么有用的工具 起因 有许多软件例如Dock 6.8，对于小分子的柔性对接支持并不那么好，这就导致了因为初始构...

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  • shell脚本文件夹内文件依次执行

    这个脚本非常简单，个人觉得也很实用，对于初学linux或者bash的小伙伴们，我觉得在很多地方可以解放我们的小手。写的这个脚本是因为师弟师妹们有...

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