最近尝试在线使用UCSC Genome Browser进行转录本的可视化，原以为它会和本地IGV的使用差不多，没想到在上传数据这一步就遇到了瓶颈...
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UCSC Genome Browser 使用之本地数据上传CyVerse或Github -
RNA-seq入门实战（十一）：WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型本节概览1. WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2. WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断数据质量，绘制样品的系统聚类树...
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RNA-seq入门实战（十）：PPI蛋白互作网络构建（下）——Cytoscape软件的使用本节概览：1. Cytoscape 软件基本介绍2. 数据导入：蛋白互作节点信息导入、其他注释信息的导入3. PPI网络图绘制：➀选取部分节点展...
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RNA-seq入门实战（九）：PPI蛋白互作网络构建（上）——STRING数据库的使用本节概览：1.STRING数据库基本介绍2.STRING R语言版——STRINGdb的使用：①STRINGdb数据库导入 ②获取STRING_...
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RNA-seq入门实战（零）：RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建前言：进行RNA-seq入门实战首先需要有一定的linux与R基础，推荐跟着B站生信技能树-jimmy老师学习打牢基础：【生信技能树】生信人应该...
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RNA-seq入门实战（八）：GSVA——基因集变异分析本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化：...
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RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clus...
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RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略本节概览：1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG...
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RNA-seq入门实战（五）：差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较本节概览：1.DESeq2、 edgeR、limma的使用2.三类差异分析软件的结果比较——相关性、韦恩图3.选取差异基因绘制火山图和热图 承接...
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RNA-seq入门实战（四）：差异分析前的准备——数据检查本节概览：数据预处理, 进行样本间具有可比性boxplot查看样本的基因整体表达情况查看不同分组的聚类情况：样本hclust 图、距离热图、PC...
专题公告
常规RNAseq分析流程与问题归纳
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