从开始学习转录组分析，都是按照网上的教程别人的数据一步一步的跑，只要是严格按照教程上来，基本都不会出现错误。在整个过程中，也没有想太多，每一...
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2019-03-10 转录组分析 之教训 1 -
使用Trinity进行转录组组装Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem开发的RNA-Seq数据 转录组组装...
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RNA-seq数据分析---方法学文章的实战练习前言 这次给大家带来的是16年发表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇处理RNA-seq数据的文章：Transcript-level e...
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基因表达分析（上）- 差异表达分析基因表达 什么是基因表达，如下是来自于维基百科的解释： 研究方法 定量PCR 这部分我不太懂，所以就放几段百度百科和维基百科的定义。 百度百科 ...
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基因表达分析（中）- 富集分析
回顾 首先对基因表达分析（上）做一个简单的回顾 研究基因表达的有如下工具：RNA-Seq，microarray， qRT-PCR等（欢迎补充） ...
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基因表达分析（前传）-准备count矩阵
还在利用hisat, tophat这些耳熟能详的软件将read比对到基因组（转录组）上，然后统计每个基因的count数么？试试这些不需要比对，速...
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转录组入门（1）：软件准备
系统准备 windows10： Unbuntu on windows10 软件准备 我的习惯： 家目录下创建src文件夹，用于存放软件包 家目录...
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转录组入门（2）：读文章拿到测序数据本系列课程学习的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA p...
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转录组入门（3）：质量控制需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！作业，理解测序reads...
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转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IG...
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