eggnog注释 使用在线版 eggnog-mapper 进行 eggnog 数据库注释。 eggnong数据库全称为evolutionary ...
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宏基因组测序分析（十）功能注释 -
宏基因组测序分析（九）基因预测及去冗余由于原核生物编码基因不包含内含子，由连续的编码区构成开放阅读框（ORF），编码区具有容易辨别的序列特征，基因预测准确性较高。 prokka 和 ...
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宏基因组测序分析（七）DESeq2/edgeR差异分析
DESeq2/edgeR DESeq2和edgeR是RNA-Seq数据分析中常用的差异表达分析软件，这两款软件基于负二项分布模型，输入count...
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宏基因组测序分析（六）lefse差异分析差异物种分析主要基于物种丰度信息和样品分组，进行组间差异物种的检测。这里使用 lefse 进行差异物种分析。 LEfSe LEfSe（Linea...
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宏基因组测序分析（五）β多样性分析β多样性 β多样性：指沿环境梯度不同生境群落之间物种组成的相异性，也被称为生境间的多样性（between-habitat diversity），...
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宏基因组测序分析（四）α多样性分析多样性分析 群落多样性主要指群落中所包含的物种数目和物种个体数的分布特征。主要包含： 物种丰富度，species richness：群落中物种数...
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宏基因组测序分析（二）测序数据质控过滤
二代宏基因组测序数据的质控和过滤。 测序数据质量过滤，包括测序质量、adapter 等过滤 去除污染数据，一般是宿主数据。该步骤对于水体、土壤等...
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宏基因组测序分析（一）软件安装
R 包安装 conda 安装 conda 主要用来创建不同环境，来安装依赖较多的软件。从conda 官网下载最新版conda 进行安装，网址如下...
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宏基因组测序分析（前言）微生物 微生物泛指个体无法用肉眼观察的微小生物，一般需要借助光学显微镜或电子显微镜才能观察到。 研究策略 单菌研究：传统的微生物学侧重于将个体物...
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宏基因组测序分析（十四） 分箱结果评估分箱结果可以使用 checkM 检查完整性和污染度。 checkM 基于数据库中构建好的单拷贝基因集和进化树，将bin定位到进化树中找到参考物种...
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