在单细胞cellranger软件建库的时候必须要用GTF文件，但是有时候有些基因组只有GFF，这时候就需要转换一下格式。 1、GTF的格式类型 ...
投稿
收录了12篇文章 · 3人关注
-
GFF3 转GTF文件 -
seurat v5整合步骤报错处理
参考：https://satijalab.org/seurat/articles/seurat5_integration[https://sat...
-
seurat V5升级：一些常见报错1、数据在不同环境中的兼容情况 目前V5版本的环境可以兼容V3版本的数据，但是V3环境中导入V5环境会报错（缺依赖包）。目前有两种方式新建R对象...
-
Seurat V5升级：sketch-based分析后DotPlot图报错解决最近在研究seurat v5的数据处理。测试的时候发现使用seurat v5包对大数据进行sketch-based抽样分析之后，后续使用DotP...
-
cellranger参考数据库gtf过滤（替换和删除）
cellranger在建库之前，有时候需要对GTF文件进行编辑修改。 比如为了后续在Seurat中使用正则匹配去除线粒体的基因，就需要修改原来G...
-
从cellranger的h5文件中提取数据参考链接： https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/softwa...
-
cellranger参考数据库gtf过滤（过滤gene_biotype）
首先看下gff里面不同的gene biotype都是啥 https://m.ensembl.org/info/genome/genebuild/...
-
AnnData对象处理AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式，常用于scanpy。 1、认识结构 基本结构如下： 参考链接：https://cellg...
-
seurat对象中gene symbol的替换（自定义R包）
我们在处理seurat对象的时候经常会发现R对象会自动把我们的gene symbol给替换掉，比如所有的下划线被替换成了短横线。会出现如下war...
-
小鼠和人的同源基因对应在使用cellphoneDB和italk进行细胞通讯分析时，发现小鼠的结果很少或奇奇怪怪。查了下网上大家的一些解决办法，发现将小鼠的基因转成人的...
专题公告
单细胞测序相关学习资料总结和整理，欢迎大家来讨论~
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1909219/1.png', '推荐专题《单细胞学习》（ 分享自 @简书 ）','https://jianshuapi.com/c/f6c8d6dc18b2?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}