1. 转录组数据统计推断的难题 在RNA-seq中进行两组间的差异分析是最正常不过的了。 我们在其它实验中同样会遇到类似的分析，通常，我们可以用...
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RNA-seq中的那些统计学问题（一）为什么是负二项分布？ -
RNA-seq中的那些统计学问题（二）FPKM/RPKM之外的那些标准化方法目录 1. 标准化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Qua...
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困扰的batch effect一、什么是批次效应 批次效应（batch effect），表示样品在不同批次中处理和测量产生的与试验期间记录的任何生物变异无关的技术差异。批次效...
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R相关性分析和相关性热图相关性分析 相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析，从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性分析旨在研究两个或两个以上随机变量...
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featurecounts的使用说明官网：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文献参考：featureCounts: an efficient...
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计算FPKM、TPM以及FPKM to TPM之前已经简单学习了测序raw counts的FPKM标准化[https://www.jianshu.com/p/302300b7d782]，接下...
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名词解释：测序深度&RPKM、FKPM、TPM
测序深度(Sequencing Depth) 相当于测了几遍； 指测序得到的总碱基数（bp）与所测物种基因组大小的比值，其是评价测序量的重要指标...
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基于BWT算法的比对软件原理解析（BWA & Bowtie & Bowtie2）参考：踏踏实实做技术：BWA，Bowtie，Bowtie2的比对算法推导 mapping pipline remove multiple map...
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RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别
浅谈RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别 在RNA-Seq的分析中，我们常用RPKM、FPKM和TPM作为转录组数据定量的表示方法。它们都是...
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BWT比对算法简介 BWT算法在多款序列比对软件（BWA，bowtie）中都有涉及，那么对于RNA-seq的2代数据，一般建库长度是单端300bp，双端各15...
专题公告
统计_算法
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