本节概览1. WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2. WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断数据质量，绘制样品的系统聚类树...
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RNA-seq入门实战（十一）：WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型 -
STEP6:WGCNA相关性分析因为样本数量比较可观，所以可以进行WGCNA分析。这里是并不需要选取所有的基因来做WGCNA分析，挑选的标准可以是top变异程度大的基因集合，或...
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KEGG分析工具：pathview基本操作什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库，...
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基因家族鉴定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白本文章将介绍 ①类blast软件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比较 ②blast、mmseqs、diamond、hmme...
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基因功能注释根据已有的蛋白库，对从基因组上提取到的蛋白序列进行比对，从而获得相应的信息。 常用的数据库： Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB, ...
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如何从NCBI中获得16S rRNA序列NCBI收集了16S ribosomal RNA sequence，可以进行下载：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db...
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测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要...
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这或许是我写的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tbl...
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fasta/fq文件处理万能工具——Seqkit学习记录
shenwei爪哥开发的处理Fasta/Fastq文件的万能工具。之前处理fq/fa文件时花时间写的一些脚本发现在seqkit里直接能一行命令就...
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UpSetR：集合可视化神包对于集合的可视化，第一时间想到的都是韦恩图（venn diagram），一般集合不超过5个的时候，可视化效果还是不错的 但是一旦数据集增加，比如...
专题公告
转录组/基因组/
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