前言 对跨物种的RNA-seq进行标准化和差异分析已知是一个问题,而目前对此类问题的相关研究还比较少,有用RPKM进行各物种之间标准化的,也有基...
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前言 对跨物种的RNA-seq进行标准化和差异分析已知是一个问题,而目前对此类问题的相关研究还比较少,有用RPKM进行各物种之间标准化的,也有基...
前言 植物基因组大小跨越几个数量级,倍性和杂合性变化,以及新旧基因组转座子变化等带来组装挑战。三代和物理图谱提供了新机会,单倍型定相、结构变异分...
VCF文件的变异分布图,除了使用Circos图之外,统计特定材料间的变异分布情况时可能会用到染色体分布图,为了节省时间,实现统计及绘图的自动化,...
系统进化树学习笔记。 系统进化树简介 系统进化树(Phylogenetic tree):用一种类似树状分支图形来概括各节点之间的进化关系,节点可...
个人进行SNP分析用的软件是snippy[https://github.com/tseemann/snippy],主要是可以一次批量完成。准备工...
Zoonomia project: 120余个未曾报道的哺乳类基因组数据集原标题: A comparative genomics multito...
1. synteny 和 collinearity 用来描述基因组的共线性 synteny 共线性:同源基因在相应染色体上的保留collinea...
https://github.com/mmatschiner/tutorials 在github上看到一个关于phylogenetic and ...
从orthomcl结果中挑选出单拷贝基因,并建立一个单拷贝文件 pick_single_gene.py 每一列为一个物种(groups.txt_...
OrthoFinder结果文件 运行标准OrthoFinder会产生一系列文件:直系同源组、直系同源、基因树、物种树、基因复制事件、比较基因组学...
专题公告
比较基因组