背景介绍 随着癌症基因组学的进步，突变注释格式（MAF）被广泛接受并用于存储检测到的体细胞变体。 癌症基因组图谱项目对30多种不同的癌症进行了测...
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R包——maftools 可视化神器 -
ANNOVAR | 变异注释【上】
一、简介 会得到一系列变异数据，这些变异数据只是告诉我们在基因组的某个位置发生了一段序列的改变，至于这个改变会不会影响生物学功能，我们并不清楚。...
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WGCNA:加权基因共表达网络分析
加权基因表达网络分析（Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA），又叫权重基因共表...
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聚类分析：k-means和层次聚类尽管我个人非常不喜欢人们被划分圈子，因为这样就有了歧视、偏见、排挤和矛盾，但“物以类聚，人以群分”确实是一种客观的现实——这其中就蕴含着聚类分析...
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试图厘清热图相关的一些细节森严森语： 生活中很多时候我都习惯于不知所以而为之，其结果通常坏。原因在于经常的盲目自信和偶尔不愿承认自己的无知。 上篇推文介绍了利用Origi...
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RNA-seq中的那些统计学问题（二）FPKM/RPKM之外的那些标准化方法目录 1. 标准化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Qua...
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转录组分析5——差异表达分析差异表达分析内容：• 基因表达量的标准化方法及可视化➢ counts，RPKM，FPKM，TPM➢ PCA图、热图等• 差异表达分析及可视化➢ ...
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RNA-seq分析简洁版前面RNA-seq分析：从软件安装到富集分析部分已经把转录组全部流程走完了一遍，这次利用RNA-seq(2)-2:下载数据中下载的肝癌数据进行分...
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基于RNA-seq的共表达网络分析工具Methods and tools for RNA-seq-based co-expression network analysis 可以说是非...
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差异共表达网络-Co-expression networks写在前面，这篇文章主要整理自于Gene co-expression analysis for functional classification...
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