基因类型鉴定 基因组的组装和注释完成，得到配套的基因组和注释文件之后，可以利用gffread软件提取对应的gene的cds，pep序列。应运而生...

公众号原文点我[https://mp.weixin.qq.com/s/sVWseQoyxL5tEM5PDf-iuQ] Part 1 ：气泡图 气...

前面写了16S rDNA进化树[https://www.jianshu.com/p/1738195eb1aa]。关于细菌基因组水平，下面记录这篇...

基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换，具有恒定的演化速率，因此两个物种时间的遗传距离与物种分歧时间成正比。 本文就利用mcm...

写在前面 三年前，那时往“全国植物基因组会议”投个了摘要，也准备了下墙报，有点期待能得到点认可。当然和以前一样，优秀跟我没啥关系。这是结果，结果...

最近刚返校，事情比较多，每天也很忙，之前写的《基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）》也一直没来得及更新，缺少cafe输出结果的解读及后面...

一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Di...

简介OrthoFinder是用于比较基因组学的快速，准确和全面的平台。 它查找直系群和直系同源物，推断所有直系群的根源基因树，并识别这些基因树中...

OrthoFinder结果文件 运行标准OrthoFinder会产生一系列文件：直系同源组、直系同源、基因树、物种树、基因复制事件、比较基因组学...