文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 官方说明：https://github.com/PASApipeline/PASApip...
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PASA（2.4.1）使用记录
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基因注释：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline
我使用的maker版本为3.01.04 第一轮：将已知基因比对到基因组 包括两个部分：🔸屏蔽重复序列🔸将已知的转录组/蛋白序列与基因组进行比对 ...
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使用TransDecoder寻找转录本中的编码区
TransDecoder能够从转录本序列中鉴定候选编码区。这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装，或者来自于Cufflinks或者St...
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braker2注释流程
一： 软件安装 由于BRAKER2: 依赖AUGUSTUS 3.3, GeneMark-EX 4.33, BAMTOOLS 2.5.1, NCB...
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使用BRAKER2进行基因组注释(v 2.1.5版)
BRAKER2是一个基因组注释流程，能够组合GeneMark，AUGUSTUS和转录组数据。 在使用软件之前，有几点需要注意下 尽量提供高质量的...
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EVM 对预测结果进行整合
从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，EVidenceModeler(EVM) 可以对上述结果进整合 软件安装 使用流程 所需数据...
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如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de ...
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基因结构注释（4）：整合预测结果参考链接 如何对基因组进行注释[https://www.jianshu.com/p/931e9821c45a] 从头预测，同源注释和转录组整合都...
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基因结构注释（3）：转录组预测
对于RNA-seq数据，有两种使用策略，一种是使用HISAT2 + StringTie先比对再组装, 一种是从头组装，然后使用PASA将转录本比...
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基于PASA进行基因预测
PASA[http://pasa.sourceforge.net/], acronym for Program to Assemble** S*...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/2002591/%E5%B1%8F%E5%B9%95%E5%BF%AB%E7%85%A7_2023-01-16_%E4%B8%8B%E5%8D%887.53.51.png', '推荐专题《结构注释》（ 分享自 @简书 ）','https://jianshuapi.com/c/e1d95e9a97c2?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}