单细胞多组学技术的发展极大地增强了我们对生物学的理解，与此同时，许多算法已被提出来从单细胞转录组信息中预测细胞的蛋白质丰度和/或染色质可及性，并...
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Nat Methods | 单细胞多组学整合算法的基准测试 -
NC | VolcanoSV可通过单分子长读长测序在二倍体基因组中实现准确、稳健的结构变异调用结构变异(SVs)对人类基因组多样性有重要贡献，在精准医学中起着至关重要的作用。尽管单分子长读长测序技术的进步为SV检测提供了突破性的资源，但准...
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肿瘤研究工具 | PERCEPTION：利用肿瘤单细胞转录组学预测患者对治疗的反应和耐药性为癌症患者量身定制最佳治疗方案仍是一项重大挑战。为解决这个问题，相关研究团队开发了一个肿瘤精准治疗计算框架——PERCEPTION（PERson...
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scHiCyclePred：利用多尺度交互信息从单细胞 Hi-C 数据中预测细胞周期阶段单细胞Hi-C (scHi-C) 技术的出现为研究细胞周期阶段与染色质三维 (3D) 结构之间的复杂关系提供了前所未有的机会。然而，基于 scH...
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NC | SANTO：一种coarse-to-fine的空间组学对齐和整合方法现有的时空组对齐和整合方法由于耗时极长且准确度不理想，不适用于处理大规模、基于图像的空间组学数据集。2024年7月，《Nature Commun...
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NC | 利用基于子图的图注意力网络，以单细胞分辨率解析空间转录组学中的细胞间通信细胞间通讯（CCC）的推断对于更好地理解生物系统中复杂的细胞动力学和调控机制至关重要。然而，在单细胞分辨率下准确推断空间CCC仍然是一个重大挑战...
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CNGBdb上线下丘脑单细胞图谱平台（Hypo Cell Atlas），揭秘生命“微型控制中心”的高清地图！近日，由山东第一医科大学附属省立医院（山东省立医院）“内分泌糖脂代谢与脑老化”教育部重点实验室、复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室、华大...
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单细胞工具 | SCENT：从多模态单细胞数据中识别组织特异性增强子-基因图谱，找出致病等位基因要将全基因组关联研究（GWAS）的基因位点转化为因果变异和基因，需要从疾病相关组织中获得准确的细胞类型特异性增强子基因图谱。绘制增强子基因图谱至...
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时空组工具 | 使用 scCube 模拟空间转录组中的多种变异空间分辨转录组学 (SRT) 面临的一个紧迫挑战是对计算方法进行基准测试。一种广泛使用的方法是利用模拟数据。然而，目前可用的模拟 SRT 数据存...
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NC | ezSingleCell：一站式单细胞和空间组学综合分析平台单细胞和空间组学技术的迅速崛起生成了大量数据，为提供具有用户友好界面的更全面的数据分析平台，《Nature Communications》发表了...
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