串联法 orthofinder 已经生成好单拷贝基因串联的序列，可以直接使用。找到orthofinder 已经生成好单拷贝基因串联的序列，Spe...
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基于orthofinder 结果构建物种树
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比较基因组分析-数据准备
比较基因组分析，首先需要选定要比较的物种，然后下载这些物种的基因组数据。 基因组数据准备 数据准备1.基因结构注释文件， gff/gtf格式2....
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生信步骤｜MAFFT结合HMMER进行多序列比对和基于隐马模型的基因搜索蛋白质都是由相似的小型结构域组成的。如果我们有若干个已知的蛋白序列，那我们就可以根据这些蛋白序列比较其含有的保守域，寻找在蛋白数据库中上是否也有...
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最新11+单基因泛癌纯生信，值得学习！影响因子：11.6关于单基因泛癌分析，我们已经介绍了很多。小编最近也筛选到一些结果比较好的基因，需要做深入分析的欢迎交流喔。 研究概述：APOB...
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OrthoFinder2：直系同源基因的寻找以及Orthogroup构建
OrthoFinder2算法解读 1）基因树的构建， 寻找序列之间的同源关系（相似度的计算）：diamond，blast，mmseq2 基因树的...
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2023-01-09 用GenomicFeatures包计算基因长度本文包括内容： 1. 基因长度定义 非冗余外显子(EXON)长度之和;挑选基因的最长转录本 ;选取多个转录本长度的平均值;非冗余 CDS 长度之...
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提取最长cds mRNA gene
使用方法 好像Pyfastx比biopython读取序列的速度更快，或许可以试一试pyfastx
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进化树构建与节点名批量修改今天介绍的小工具是Multi-omics Hammer的ptree_rename功能，主要用于批量修改进化树节点的名称。 提到进化树，必然需要提...
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【基因组学】水稻常用基因组数据库介绍水稻常用数据库介绍 近几年随着测序数据量呈井喷式增长，涌现出一大批优秀的数据库。而水稻和拟南芥分别作为植物研究中单双子叶的模式植物，其基...
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序列比对工具 | BLAST、 BLAT、 diamond基本概念 相似性（similarity） 一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其他一些合适的度量 如：A序列和B序列的相似性是80...
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