应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10X Genomics公司的解决方案，但是在某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组...
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单细胞smart-seq2建库原理 -
三代变异检测操作说明-DeepVariant
作者：Charon审稿：童蒙编辑：amethyst 众所周知，三代测序的单碱基测序错误率远远高于二代测序，PB的单碱基错误率有10-15%，而O...
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Pacbio 三代全长转录组IsoSeq3数据分析pacbio三代全长转录组数据分析isoseq31 参考官方文档及其他教程，包括原理、流程等 2 软件安装主要参考pbbiocondapbbio...
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【R语言编程】---利用三代测序绘制菌群聚类热图与物种丰度图前言：仍然是三代测序数据的分析，宏基因组的文章中经常出现聚类热图和物种丰度图，用来直观地识别与某些疾病或者表型相关的菌群构成。 1.读取数据一共...
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【生信知识】---Nanopore测序分析软件nanopolish
前言：nanopolish是开源的综合性分析软件，集成了非常多的三代测序数据分析小工具。 1.软件安装：通过Github源码安装： 或者，通过c...
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【生信知识】---MinION纳米孔测序技术详解前言：第三代测序技术正在逐渐成熟。目前的测序读长可达150kbp左右。Nanopore公司的MinION测序仪，优势在于测序读长长，测序速度快，...
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【软件安装】---MinION-based pipeline---ONTrack安装日志前言：ONT，即Oxford Nanopore Technologies，划时代的纳米孔测序技术。ONTrack是一个用来分析MinION测序数...
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【生信知识】---第四代测序技术的生信软件汇总
1 碱基识别工具Metrichor是ONT公司推出的基于隐马尔可夫模型进行碱基识别的软件。它的使用需要网络连接。MinION注册用户需要获得开发...
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【生信知识】---Nanopore测序的SV Calling流程搭建！
1.软件安装安装序列比对软件LAST 安装sam格式处理工具sambamba 安装bedtools 安装结构变异识别软件NanoSV 2.数据测...
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【软件安装】---使用poretools分析原始nanopore测序数据前言：nanopore的下机数据是fast5格式，通常在下游分析之前，需要转换成fastq，poretools是一款开源工具，可以针对原始的fa...
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