系统发育基因组分析 - 专题

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收录了14篇文章 · 4人关注

桑基图——不同系统发育框架比较
写毕业论文的时候老板提到要用一张图表示分类系统的变化，于是像到用桑基图来呈现这个变化的过程，具体操作步骤如下（越来越不喜欢写注释了，大家将就着看...

0.1 小黑采蘑菇 0 2
DiscoVista安装
DiscoVista是一个可视化多物种树的软件，由python2编写；大家在安装的时候可以单独构建一个python2的环境。下载安装包安装r...

小黑采蘑菇 0 0

基因流检测软件Dsuite安装教程
Dsuite软件的网站在Github上，GitHub - millanek/Dsuite: Fast calculation of Patter...

0.2 小黑采蘑菇 0 1
BUSCO安装
之前有小伙伴反应说是BUSCO很难安装，这里我们使用mamba来进行安装，首先安装mamba 成功！然后开始安装busco，成功！记得每次使用...

0.2 小黑采蘑菇 0 1
统计单拷贝直系同源基因频率
在进行单拷贝直系同源基因构建系统发育树之前，我们会将一些出现频率比较低的单拷贝直系同源基因过滤掉，这就需要先统计频率了，这个脚本使用find函数...

小黑采蘑菇 0 1
phytools祖先状态重建
最近做了一个祖先状态重建的工作，还是蛮有意思的。PS：需要说一下的是，RASP的祖先状态重建主要是分布区重建，用RASP的模型去做性状重建会出现...

0.2 小黑采蘑菇 3 4
Mrbayes构建贝叶斯树复习
最近又重新构建多片段的贝叶斯树，对这些参数又有了新的理解，在此记录，以备查询。多线程安装以前倒是写过多线程的安装，不过都比较繁琐，参考贝叶斯...

0.1 小黑采蘑菇 0 2

Spades组装中断重启
由于本人使用的服务器是大组公用服务器，所以经常遇到断网或者是死机的情况，spades的组装时长非常久，经常遇到组装一整天然后突然断掉的情况，如果...

小黑采蘑菇 0 0
r8s计算分化时间
1. 下载与安装我不知道为什么网络上的下载路径都被禁用了，所以我找了一个网上下载的地方r8s download | SourceForge.n...

0.2 小黑采蘑菇 0 3
MCMCtree计算分化时间
目前我知道的可以做物种分化时间计算的软件主要有beast，beast2，r8s，paml的mcmctree，还有Nagy论文中的PhyloBay...

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