circlize包 circlize包在德国癌症中心的华人博士Zuguang Gu开发的，有兴趣的可以去看看他的Github主页。这个包有两个文...
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用circlize包绘制circos plot -
氨氮、亚硝酸盐、硝酸盐那点事水体中氮元素的主要来源是饲料中的蛋白质。有资料显示，饲料中的蛋白质只有60%左右被鱼体吸收，合成鱼体蛋白，约40%通过鳃或者粪便排泄到水体中。而...
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宏基因组介绍
宏基因组基本概念自然界中存在数量巨大、种类繁多的微生物，人类目前仅分离培养了其中很小的一部分。如何清楚的认识环境样品中微生物群落的组成和功能基因...
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【代谢组学】1.代谢组学简介
基本概念 代谢物：所有分子量小于1500Da的小分子物质，包括糖类、核苷、有机酸、酮类化合物、多肽、氨基酸、有机胺类、醛类化合物、脂质、萜类、类...
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宏基因组之基因组装背景 宏基因组组装，即把短的reads拼装成连续的序列contig，再根据PE等关系将contig拼装成scaffold。与单个基因组组装不同，...
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如何用MEGA7做序列比对？1.序列准备 先准备好需要比对的序列，可以是DNA序列，也可以是Protein序列； 2.导入序列文件 进入MEGA7软件首页，点击Align-...
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宏基因组（Metagenome）测序分析常见问题十问十答
1.Meta分析通过增加数据量是否可以组装出低丰度物种？ 在Metagenome 中，高丰度物种和低丰度物种分布的具有不均匀性，物种的多样性会对...
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生信常用文件格式2021.6.6 1. 序列格式 1.1 fasta 简介一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个...
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微生物多样性alpha分析看不明白？看这里！在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分：Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析，其中Alpha多样性...
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宏基因组学研究—宏基因组Reads的组装与分类/分箱
1. 高通量测序是探索宏基因组学研究的一个工具 1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads 许多微生物未被分离，数据库中无相关...
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