14.1 前言 本篇是细胞注释章节的更详细的延续，该章节已经介绍了差异基因表达（DGE）作为用细胞类型注释簇的工具。在这里，我们重点关注更复杂的...
投稿
收录了62篇文章 · 2人关注
-
单细胞RNA-seq生信分析全流程——第十四篇：差异基因表达分析 -
R语言绘图包13--共表达网络的绘制：igraphR语言绘图包系列： R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.com/p/e57555d48c...
-
simspec：基于细胞簇谱系相似性整合单细胞数据简介 在单细胞数据分析中，如何对跨不同实验、条件、批次、时间点或其他技术因素的单细胞测序数据进行多样本整合仍然是一个重大的挑战。需要新的计算方法...
-
plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4...
-
【函数整理版】从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象2022-06-15
适用背景 昨天写的文章[https://www.jianshu.com/p/8a81071571d9]介绍了Anndata对象转成Seurat对...
-
从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象（适用于空间组且涉及h5文件读写）2022-06-14
关键字 Anndata对象转成Seurat对象 h5文件读写 空间组格式转换 已补充快速使用的函数整理版本[https://www.jiansh...
-
OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html[ht...
-
【单细胞全图谱】小鼠全组织的单细胞图谱今天分享另外一篇关于小鼠的全组织单细胞图谱。它是由来自美国斯坦福大学的一个研究团队组建了一个名为Tabula Muris的小鼠细胞信息的开源数据...
-
免疫细胞注释-2：髓系细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细...
-
Harmonypy解析scanpy也可以使用harmony，但是其实调用的Harmonypy这个包,其实使用的话倒是比较简单，就是下面这些命令，但是我不是很关心这个，...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1965202/SC.png', '推荐专题《scRNA-seq》（ 分享自 @简书 ）','https://jianshuapi.com/c/c6e76f5bc7f3?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}