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收录了15篇文章 · 1人关注
  • 使用cd-hit对蛋白质或核酸序列进行聚类

    2018.9.7 星期四 多云 biolearn cd-hit 是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除...

    1.7 biolearn 2 19
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    讨厌又迷人的reads去重复

    在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此...

    6.8 鹿无为 6 91
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    samtools view 使用小结

    整理高通量测序中使用的软件。 samtools是常用的对sam/bam文件操作的工具，其中samtools view命令可以实现查看序列、sam...

    1.7 尘世中一个迷途小书僮 1 20
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    这或许是我写的最全的BLAST教程

    Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tbl...

    10.4 xuzhougeng 4 184 1
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    Q30与Phred值

    转录组测序数据中，经常会出现Q30或Phred值，它们究竟是什么含义？ Q30表示一个碱基的质量值，也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值...

    0.1 新欣enjoy 0 7
  • BWA使用详解

    一、简介 BWA，即Burrows-Wheeler-Alignment Tool。BWA 是一种能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组...

    5.2 生信师姐 7 68
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    新辅助治疗与辅助治疗两者有什么异同点？

    导读：针对中晚期肿瘤患者，尽管手术治疗效果明显，但肿瘤复发的几率还是很大，术后复发的主要原因是存在微转移灶，而辅助和新辅助治疗的方法就是将微转移...

    0.1 领募圈 0 1
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    参考基因组及注释下载

    现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。 现有的参考基因...

    5.7 BeautifulSoulpy 2 49
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    Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的区别

    1. 为什么我们要进行Normalization 测序深度：某些低表达量的基因只有在较高的测序深度时才能检测到。一般而言，随着测序深度的增加，基...

    6.0 Hayley笔记 4 86
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    肿瘤外显子全流程notes

    Part0背景知识 Q：什么是外显子测序呢？A：外显子组测序是指利用序列捕获或者靶向技术将全基因组外显子区域DNA富集后再进行高通量测序的基因组...

    3.9 天秤座的机器狗 5 63