原文来自这里，略编辑 摘要 简单且高效地分析RNA测序数据的能力是Bioconductor的核心优势。 RNA-seq分析通常从基因水平的序列计...
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【分享】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌 -
基因表达分析（上）- 差异表达分析基因表达 什么是基因表达，如下是来自于维基百科的解释： 研究方法 定量PCR 这部分我不太懂，所以就放几段百度百科和维基百科的定义。 百度百科 ...
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基因表达分析（中）- 富集分析
回顾 首先对基因表达分析（上）做一个简单的回顾 研究基因表达的有如下工具：RNA-Seq，microarray， qRT-PCR等（欢迎补充） ...
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基因表达分析（前传）-准备count矩阵
还在利用hisat, tophat这些耳熟能详的软件将read比对到基因组（转录组）上，然后统计每个基因的count数么？试试这些不需要比对，速...
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转录组入门（7）：差异表达分析这个步骤推荐在R里面做，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。...
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转录组入门(8): 富集分析
我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。然后把表...
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转录组入门（2）：读文章拿到测序数据本系列课程学习的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA p...
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转录组入门（1）：软件准备
系统准备 windows10： Unbuntu on windows10 软件准备 我的习惯： 家目录下创建src文件夹，用于存放软件包 家目录...
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转录组入门（3）：质量控制需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！作业，理解测序reads...
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转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IG...
专题公告
分析
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