还在利用hisat, tophat这些耳熟能详的软件将read比对到基因组（转录组）上，然后统计每个基因的count数么？试试这些不需要比对，速...
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基因表达分析（前传）-准备count矩阵
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基因表达分析（中）- 富集分析
回顾 首先对基因表达分析（上）做一个简单的回顾 研究基因表达的有如下工具：RNA-Seq，microarray， qRT-PCR等（欢迎补充） ...
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基因表达分析（上）- 差异表达分析基因表达 什么是基因表达，如下是来自于维基百科的解释： 研究方法 定量PCR 这部分我不太懂，所以就放几段百度百科和维基百科的定义。 百度百科 ...
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RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 2、StringTie 将比对好的reads进行拼装并预计表达水平 3、SAM to...
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StringTie参数备忘
StringTie 参考链接： https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=man...
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生信媛公众号文章目录
这资源实在太赞，情不自禁想要分享与大家一同学习。我是一个不喜欢用手机看公众号文章的人，但与每一个生信入门者一样急切的需要干货资源得以入门进阶，这...
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StringTie在注释基因组时的注意事项
在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然...
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RNA-seq练习 第三部分（DEseq2筛选差异表达基因,可视化）DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart) DESeq2对于输入数据的要求1.DEseq2要求输入数据是由整数组成的矩阵。2.DESe...
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RNA-seq(9):功能富集分析这部分开始进行基本的富集分析，两类 A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不...
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RNA-seq(10):KEGG通路可视化:gage和pathview这部分直接从上部分RNA-seq(9):富集分析(功能注释)[https://www.jianshu.com/p/5d82acad6008]的数...
专题公告
对RNA-seq一些工具和最新知识的整理
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