如果所研究的物种有组装注释质量较好基因组序列，且和该基因组序列比对效率较高，那么可以采用有参转录组的分析策略，直接进行分析。反之，则需要按照无参...
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RPKM、FPKM、TPM详解
简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱...
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DESeq2详细用法1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummari...
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DESeq2差异基因分析和批次效应移除差异基因鉴定 基因表达标准化 不同样品的测序量会有差异，最简单的标准化方式是计算counts per million (CPM)，即原始read...
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2019-09-02R包第二天：差异分析包（二）DEseq2
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如何用脚本来写脚本——Linux批量循环
以前在Linux写循环时都用 ls * | while read id ; do command line $id ; done 的结构，这种方...
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转录组有参分析之STAR比对及可变剪切
转录组有参分析之STAR比对及可变剪切 STAR比对的特点： 速度快 准确度高 3'reads soft clip genomeLoad Loa...
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R语言-第一次用RStudio 画热图作业 1.read.table参数理解 file:文件名（包在“”内，或者使用一个字符型变量），可能需要全程路径（注意即使是在windows下，...
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如何构建表达矩阵——RNAseq中游分析
中游分析这个词是我杜撰的，用来强调表达矩阵构建过程并不简单。 0 前言 前几天Jimmy老师发了一篇 我用这个技能一杯咖啡的功夫就挣了800块钱...
专题公告
数据分析
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