# 1. 初步使用 运行下面几行代码，初步了解ChIPpeakAnno使用 # 2. 详细使用例子 ChIPpeakAnno使用GRanges ...
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ChIPpeakAnno 注释peak -
2022-10-10 samtools分析测序基因组的depth和coverage
对基因组测序完成后，我们经常需要统计测序深度（depth）和对基因组的覆盖率（coverage） 这两个概念有时候不太好区分，有时coverag...
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IGV-GSAman | 极大提高「功能基因组学」研究效率的基因组浏览器写在前面 今天周末，转眼10月份只剩一周。万万没想到，一个月下去，我还是花了不少时间在完善「GSAman」。至于为什么本来「两个小时」就干完的事...
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ggplot2做分组箱线图，添加bar和均值并修饰图形并不觉得ggplot2作图多好看，尤其是箱线图和柱状图需要大量的修饰，现在介绍ggplot2做分组箱线图，添加箱子的bar和均值的几个函数 st...
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测序深度和测序覆盖度，怎么估算？在我们开始测序之前，经常会被问道，你需要的测序深度和测序覆盖度的概念，比如在测序线粒体的DNA时候，测序小哥就问说1个G的数据量够了吗？下面...
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【deeptools相关】读取Excel文件,画样本相关性散点图Tips: https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/tools/plotCorr...
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画测序深度分布图
1. 将测序数据比对到参考基因组。 2.求出每一个碱基上的深度 结果如下所示（其中第一列为染色体，第二列为position，第三列即为这个pos...
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计算测序深度和覆盖度
深度（depth）与覆盖度（coverage） 假想实验 对长100bp的目标区域进行捕获测序：采用单端测序，每个read长5bp；总共得到了2...
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R-loop数据分析之R-ChIP(样本间BAM比较和可视化)样本间相关性评估 上一步得到各个样本的BAM文件之后，就可以在全基因组范围上看看这几个样本之间是否有差异。也就是先将基因组分成N个区间，然后用统...
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ATAC-seq分析干货-2
作者 | Arno审稿 | 童蒙编辑 | amethyst 上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。ATAC-Seq能帮助我们从全基因组...
专题公告
学习
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