一句话评价：重复序列注释用EDTA就完事了。 简介 EDTA, 全称是 Extensive de-novo TE Annotator, 一个综合...
投稿
收录了18篇文章 · 1人关注
-
使用EDTA进行TE注释
-
如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de ...
-
用singularity来管理软件
背景 生物信息中的分析流程往往需要消耗很大的内存，读写以TB计算的数据，属于典型的高性能计算(HPC)应用。生信分析流程中要调用大量的分析程序以...
-
利用Juicer v2.0挂载染色体
最近在搞基因组，前面contig的组装难度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等组装就可以了。 组装完毕后，contig挂载...
-
「基因组注释」构建重复序列数据库
本文参考自Repeat Library Construction-Advanced，整体思路一致，但是所用软件有所不同。 流程主要分析MITE和...
-
【基因组注释】RepeatMasker和RepeatModeler安装、配置与运行避坑1.conda安装 conda安装虽然简单，但还是有很多坑，而且很多都是隐形的坑。 repeatmodeler依赖于repeatmasker，因...
-
【基因组注释】同源注释比对软件tblastn、gamp和exonerate比较
基因结构预测中同源注释策略，将mRNA、cDNA、蛋白、EST等序列比对到组装的基因组中，在文章中通常使用以下比对软件： tblastn gam...
-
基因组注释--重复序列注释（一）：Trf软件安装与使用
前言 动植物基因组注释包括重复序列注释以及基因结构注释，重复序列注释是注释中非常重要的环节，主要包括的软件有Trf、LTR_Finder、P...
-
【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录记录下braker2的使用要点，以备忘记。 流程使用 braker2有很多流程，根据你的数据：组装的基因组、转录组、蛋白（同源，包括近缘或远缘）...
-
2020-05-26 PASA 基因组结构注释（debugging）
PASA 安装perl 模块GD DBD::myqcl 1.利用cpan or cpanm安装总提示报错，未解决 再次利用yum install...
专题公告
结构注释
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1998794/crop1667003294642.jpg', '推荐专题《结构注释》（ 分享自 @简书 ）','https://jianshuapi.com/c/aa743085cab5?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}