基因组组装完成之后，就需要对最后的质量进行评估。我们希望得到的contig文件中，每个contig都能足够的长，能够有一个完整的基因结构，归纳一...
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LAI: 评估基因组质量一个标准
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生信分析22：完整的转座子注释流程本次推送是文献分享22的对应内容。我与生信，公众号：我与生信文献分享22：泛基因组解析柑橘亚科进化以及柑橘果实中柠檬酸积累的关键基因[http:...
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TEtranscripts：包含转座原件的的RNA-seq差异表达分析导读 主页：http://hammelllab.labsites.cshl.edu/software/Github：https://github...
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LTR-RTs的鉴定,LAI值的计算LAI是一种新的评估基因组组装质量的评价标准。LTR讲解[https://www.jianshu.com/p/a93cdbc36339]部分转载...
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非模式生物重复序列注释 RepeatModeler2+RepeatMasker4首先安装RepeatModeler2,RepeatMasker4建议直接去官网下载，解压安装。同时安装其他包。安装流程这里不详细介绍了，网上有很...
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基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用RepeatMasker是重复序列检测的常用工具，通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列，属于同源预测注释的方式。下文除...
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基因组注释--重复序列注释（三）：RepeatModeler安装与使用
目录 RepeatModeler 是从头预测transposable element (TE)的软件，它的核心是结合了三大预测软件（RECON,...
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RepeatModeler2.0安装及使用
RepeatModeler已更新，拥有了一些新的功能，可以识别LTR的结构在基因组注释中第一步就是重复序列的屏蔽，目前常用的从头注释pipeli...
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