生信学习笔记 - 专题

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生信学习笔记

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TCGA数据分析（4）
TCGA数据分析 (1) : 如何从TCGA下载数据TCGA数据分析 (2)：如何从TCGA检索数据TCGA数据分析 (3)：RNA-seq表达...

0.4 dming1024 0 4
TCGA数据分析（3）
由于下载的TCGA数据，都是独立文件夹。即每个样本，一个文件夹，文件夹下是压缩数据，还需要将所有的数据进行解压，然后将所有的数据进行合并，并提取...

0.1 dming1024 1 3 1

TCGA数据分析（1）
对TCGA数据分析之前已经介绍过一次，这里把之前的内容整理下。TCGA分析大致可分为以下：1.数据检索与下载2.metadata.json文件解...

0.3 dming1024 0 2
snakemake分析双端测序的RNA-seq数据
上一次讲述了如何利用snakemake进行RNA-seq分析流程的构建：RNAseq分析流程：从测序Rawdata到Count输出，但是只针对单...

0.2 dming1024 4 3
对miRNAs靶基因进行批量预测
1.提取miRNAs 2. 由starbase API数据库进行下载(10s检索完成） 3.将所有的miRNA靶基因进行合并整理每个文件都有这...

1.0 dming1024 2 8
对298个lncRNAs进行miRNAs的预测
1.提取这298个lncRNAs的symbol 2. 由starbase API数据库进行下载不到一分钟将全部lncRNA可能结合的miRNA...

0.4 dming1024 0 3
利用ascp由ftp.ncbi下载测序数据
找数据首先在NCBI FTP网站上找到自己需要的数据https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/...

0.4 dming1024 0 6

conda环境变量设置与转移
参考文章：https://www.cnblogs.com/liaohuiqiang/p/9380417.html 本文的初衷是对之前建立的sna...

0.3 dming1024 0 2
RNA-seq汇总（分析+工具+GATK流程）
RNA-seq分析流程不得不提的一篇文献Sahraeian, Sayed Mohammad Ebrahim, et al. "Gaining ...

3.4 晓佥 2 29
6 GATK4完整流程
0定义变量 1 标记PCR重复reads 运行结束后的文件如下 2 FixMateInformation 这样就得到marked_fixed.b...

2.1 Y大宽 1 19