在单细胞数据分析当中，当我们聚类分群完成之后，紧接着就是细胞类型注释，细胞类型的注释就离不开 基因marker ，即在目标细胞类群和其它细胞类群...
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神兵利器——单细胞细胞类群基因marker鉴定新方法：COSG -
单细胞数据整合分析——批次效应（batch effect）去除在单细胞分析当中，经常会遇到整合分析的问题，即去除多样本数据之间的批次效应（batch effect），那么什么是批次效应呢？简而言之，批次效应...
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单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay?前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 ...
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单细胞转录组及空间转录组学习资源
(1). 单细胞上游软件cellranger：单细胞上游软件cellranger从头说[https://www.jianshu.com/p/9a...
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MAPQ 一定是255吗?不一定，不同开发者的定义不同。 早上爬楼看到这个问题： 各位有个基础问题我不是很明白，SAM文件中的MAPQ map质量等于255究竟是什么意思...
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单细胞分析入门——一套经典的Seurat分析流程前几天看到周运来老师的一句话，放在这儿，与诸君共勉： 看到才能想到，想到才能做到，做到才能得到，得到才能失去，只有失去了才知道适不适合自己 好了...
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单细胞3' mRNA测序数据与CPM、RPKM及FPKM之间的联系
最近导师push的比较紧，没有时间来做更新。（懂的都懂，谁都不想在组会上享受社会性死亡） 今天来分享一下单细胞3' mRNA测序数据与CPM、R...
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Literature Review(1): A short but comprehensive comparison about tSNE, UMAP and PCA最近又有大佬发Nature Protocols了，题目为Tutorial: guidelines for annotating single-c...
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单细胞分析中的NormalizeData()与ScaleData()区别在哪儿？今天又是入门单细胞分析的一天在单细胞分析当中，我们会用到两个函数：NormalizeData()和ScaleData()，这两个函数的区别到底在...
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我眼中的barcodes.tsv.gz/features.tsv.gz/matrix.mtx.gz前段时间一直在用cellranger count进行单细胞测序数据的处理，不得不说Cell Ranger作为10X Genomics官方的单细胞...
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