差异表达分析内容：• 基因表达量的标准化方法及可视化➢ counts，RPKM，FPKM，TPM➢ PCA图、热图等• 差异表达分析及可视化➢ ...
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转录组分析5——差异表达分析 -
转录组有参分析之STAR比对及可变剪切
转录组有参分析之STAR比对及可变剪切 STAR比对的特点： 速度快 准确度高 3'reads soft clip genomeLoad Loa...
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比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。S...
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RNA-seq入门实战（零）：RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建前言：进行RNA-seq入门实战首先需要有一定的linux与R基础，推荐跟着B站生信技能树-jimmy老师学习打牢基础：【生信技能树】生信人应该...
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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQues...
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RNASEQ（二）: PCA主成分分析对RNAsq的read count数据进行PCA分析 目的：PCA分析可以得到样本之间的相关性和离散程度。 内容：1 . 基因表达量数据进行标准...
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RNA-seq入门（二）质控及fastqc报告解读一、质控 前面我们从GEO下好了SRA数据并转换为fastq文件，现在需要对fastq文件进行质控，这里用的软件为fastqc。首先建好文件夹用...
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【RNA-Seq 实战】三、fastq下载及过滤数据这里是佳奥！继续转录组分析的学习。 一般我们都是从.fq文件开始的，但是如果是自己寻找数据的话，要多一步骤。 1 获取fastq数据 1.1 s...
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转录组学习二（数据下载）
转录组学习一（软件安装） 转录组学习二（数据下载） 转录组学习三（数据质控） 转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究） 转录组学习五（...
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SRA批量下载及转为Fastq格式NCBI中会将测序等数据压缩成sra格式。本文介绍如何批量下载sra文件及转化为Fastq格式。 下载SRA文件sratoolkit 从NCBI...
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