要说寻找公共芯片测序数据大家都知道上 GEO 查找，其实 EBI 也有个叫 ArrayExpress 的网站(网址ArrayExpress < ...
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从 EBI ArrayExpress 获取芯片数据
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一个不一样的NCBI下载方法之前在twitter上看见一个老哥开发了一个网站 sra-explorer，大致意思就是能够解析你输入的SRA号，比如说GSEXXX，SRPXX...
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挖掘SRA的辅助小工具（NCBI高通量测序数据收录库）写在前面 伴随高通量测序技术的普及，海量的测序数据被产生并上传到网络数据库，如NCBI SRA。我们每个人都可以很轻易地获得这些数据，并用于有生...
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Fastq-dump: 一个神奇的软件现在可以用fasterq-dump, 速度更快，请阅读都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧 做生信的基本上都...
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自编SRA数据高速下载脚本
每次在SRA上面下数据都要打命令，太烦了，于是自己写了个小shell脚本，能够快速地下载并解压SRA数据，方便使用。 主程序如下 downloa...
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如何判断二代测序的来源平台
上传数据时发现一个有趣的问题，自己不知道数据来自于哪个illumina的哪个测序平台，所以整理下如何根据FASTQ的标识行分析测序数据的来源 F...
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GEO数据挖掘-使用GEOquery包
健明大神说过若是想学会使用R包，就去看那个包的说明书，因此去学习了GEOquery包说明书。翻译不当之处请去看原文。文章来源：http://ww...
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R语言练习题10道，有答案代码，还有视频来源：http://www.bio-info-trainee.com/3750.html答案：https://github.com/jmzeng...
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高通量测序数据处理学习记录（五）：上传二代测序数据到GEO前言 实验室最近有一批数据在发表文章之前需要上传到GEO Gene Expression Omnibus。所以记录下上传数据的流程给大家借鉴。 ...
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SRA 数据下载自救指南还在羡慕海峡那边的朋友下载SRA 快到飞起？还在难过用wget 下载数据经常下载不完整？用了官方的下载工具还是慢的不行？这里有一个SRA 下载自...
专题公告
数据下载 分析方法策略 文献示例
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