欢迎关注”生信修炼手册”! 在之前的文章中，我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块，其中MCODE算法...
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PPI网络实战:String加Cytoscape联手挖掘PPI网络
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批次效应学习
首先是学习优秀的帖子 最近处理数据发现同一个平台的RNA-seq或者芯片数据，不同的样本之间有时候竟然存在很大的差异，也就是所谓的批次效应。因此...
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基因芯片批次效应处理
由于实验人员、技术、环境、时间点、芯片处理等各种因素原因，得到的芯片表达矩阵是含有非生物学因素差异的。有时候想分析两组间差异，但是一个数据集下面...
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sva_combat校正批次效应安装包 使用内置数据 使用Hierarchical clustering的方法去看一下聚类的情况 校正批次效应,model可以有也可以没有，如果...
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【生信技能树】2020-01-14作业：生存分析(2)题目来源：https://mp.weixin.qq.com/s/jzDD05M5AuhCkiavkoLiHg 对GSE20685的所有基因做生存...
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【生信技能树】2020-01-14作业：生存分析(1)题目来源：https://mp.weixin.qq.com/s/jzDD05M5AuhCkiavkoLiHg 使用TCGA数据库的数据对PTP4...
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【生信技能树】2020-01-08作业：GEO挖掘标准流程分析GSE27447题目出自【生信技能树】公众号文章：2011年的表达芯片分析和2019年的区别要求：走GEO标准分析流程分析GSE27447 代码主要复制于Jim...
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GEO数据挖掘系列文-生信技能树
GEO数据挖掘系列文-第一期-胶质母细胞瘤http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk0Ng==&mi...
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GEO数据挖掘-使用GEOquery包
健明大神说过若是想学会使用R包，就去看那个包的说明书，因此去学习了GEOquery包说明书。翻译不当之处请去看原文。文章来源：http://ww...
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数据挖掘学习---GEO 数据库简介GEO 数据库的基本使用 它的主页[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/] 先来看一下每个页面都是什么样子 GPL...
专题公告
Geo学习
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