alignments 代表比对上的两个序列hits 表示两个序列比对上的片段Score 比对得分，如果序列匹配上得分，不一样，减分，分值越高，两...
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关于blast结果的一点解读
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这或许是我写的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tbl...
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基因的启动子、UTR、TSS等区域基因的pomoter区域：首先在NCBI中查找基因id，显示location的位置； 该位置对应到转录水平，应该是从TTS（即5' UTR的起始...
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用blast进行短序列（20nt左右）的搜索
一句话概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了。 这段时间用bla...
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本地化BLAST+详细使用方法
序列相似性搜索是重要的生物信息学研究之一，常常为新测序基因组或序列片段的功能提供参考，而BLAST是这一系列工具中最流行的相似性搜索工具。198...
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参考基因组及注释下载
现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。 现有的参考基因...
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blast与blast+使用（参数、输出文件格式）
一、BLAST+（NCBI发布于2009年） 下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executabl...
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根据基因组fa文件和gff文件提取cds并翻译成pep
cds文件：注释信息里的蛋白编码序列pep文件：cds对应序列翻译成的氨基酸序列从NCBI上下载基因组时，有的并没有上传cds文件和pep文件，...
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本地化的NCBI BLAST+的安装及使用
在生物信息学，BLAST(基本的局部比对搜索工具)是一种算法，用于比较生物的序列信息，诸如蛋白质的氨基酸序列、DNA或RNA核苷酸序列。BLAS...
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同源染色体片段检测工具ColinearScan的使用写在前面 更好的阅读体验请移步这里。确定染色体同源片段是基因组学研究的一个重要方面，有助于揭示基因组在历史上发生的多种多样的进化事件，如DNA复...
专题公告
做了一个同源基因分析~
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