re：从零开始的基因组测序专题 - 专题

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收录了17篇文章 · 82人关注

用pheatmap画热图
假装是前言学了很久的R，一直也没啥进展，之前一直觉得R不是很容易的东西吗，复制粘贴代码就好了。。emmm，太年轻太年轻。。我用R的日常就是画...

6.1 卖萌哥 10 61
用Modules优雅地管理你的环境变量
我管理的基因组学群里，今天有人提出了这样一个问题，如果有多个版本的BLAST，并且都是用conda安装，应该如何调用不同版本的BLAST 对于这...

1.3 xuzhougeng 0 14

wtdbg 组装基因组
关键词：pacbio; nanopore; assemble wtdbg相较于其他三代四代数据组装软件（Canu，smartdenovo，min...

1.0 涤生生 3 13
都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧
之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件[https://www.jianshu.com/p/a8d70b66794c]，详细介...

4.1 xuzhougeng 21 62
通过Kmer分布评估基因组大小
—————— 持续更新关键词：Genome Size Estimation; Kmer 一.Kmer评估法简介假如有一批二代或三代基因组测序...

1.2 涤生生 2 21
GTF/GFF文件的差异及其相互转换
我们在做生物分析的时候，经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件。他们有着相似的名字，甚至连内容都极为相似~那么，他们究竟差在哪里呢？...

5.0 dasdadf 4 63
JELLYFISH简介及使用
软件简介功能统计并筛选DNA序列中k-mers的数目，输出的结果为二进制文件，能够使用jellyfish dump转换成文本文件。最终得到...

0.5 dasdadf 2 6

高通量测序基础知识简介
什么是高通量测序？高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革...

3.1 翠湖心影 2 81
高通量测序领域常用名词解释【转】
作为一个已经在生物信息行业摸爬两年的小白，还是有必要重新认识一下高通量测序领域的一些常用名词。什么是高通量测序？高通量测序技术（High-thr...

0.7 相见很不晚 1 30
纯二代测序从头组装基因组
基因组组装基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(re...

5.8 xuzhougeng 3 122