一、简介 BWA，即Burrows-Wheeler-Alignment Tool。BWA 是一种能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组...
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BWA使用详解
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WGS全流程的学习笔记
Part1 数据下载 先去Korean Personal Genome Project下载了编号为KPGP-00001的数据。 先说一下KPG...
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WGS分析笔记（1）—— 原始数据以及质控更新于2020.10.27 二代测序方式分为三种：single read 单端测序paired-end read 双端测序mate-pair r...
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全外显子测序(wes)数据分析详细流程(小样本)
如果想看大样本的数据处理分析流程请移步总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes)(大样本727个) 分析流程目录如下： 1 wes相关软件下载与...
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参考基因组及注释下载
现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。 现有的参考基因...
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WGS实战：从raw reads到vcf实操一个WGS项目，从原始测序数据到比对，再到call变异，以及vcf文件的质控。 软件准备 samtools sratoolskit bcft...
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WGS全基因组分析 || SNP过滤
当全基因组分析得到成百上千样本的变异位点vcf文件时，即可开始进行下游的一系列分析。而下游分析的首先工作，就是对得到的raw vcf文件进行筛选...
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3. SNP Calling以GATK流程为例，简单来说，SNP Calling主要包括以下几步： 1. 给参考基因组建立索引：samtools faidx、bwa ind...
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多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种...
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2020-07-09 WGS数据分析处理流程
1.拿到数据后先检查数据是否完整。用md5sum命令。 2.对数据进行质检。 3.与参考基因组进行比对。为什么要比对？我们已经知道NGS测序下来...
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