生物信息学 - 专题

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生物信息学

收录了37篇文章 · 19人关注

R数据可视化16:哑铃图
什么是哑铃图(Dumbbell Chart) 哑铃图（Dumbbell Chart）就像它的名字一样，长得像一个哑铃。当然当你有多个节点的时候，...

2.2 jlyq617 4 23
收藏贴之一 | 写过热图工具的人，给你理清热图数据标准化
写在前面热图，或称热力图，是外文 Heatmap 的直译。在几乎所有数值分析相关工作中都可以看到。生物信息学数据，自然躲不过。无论是形态数据，...

2.6 生信石头 2 76

数据过滤-Trimmomatic
为什么要进行数据过滤二代测序的下机数据经碱基识别得到的原始序列称为raw-data。raw-data中可能含有接头（adapter）、低质量序...

0.7 bioYIYI 0 7
PON构建的两种方法
PON构建方法一：vcftools PON构建方法二：GATK

0.2 bioYIYI 0 2
相关性计算与可视化画
用途：计算组间相关性，并进行可视化 1.一组数据，单个矩阵使用示例：输入数据示例：代码 1，输出相关性矩阵，并用ggplot2画热图 2...

0.1 bioYIYI 0 1
根据bam文件推测捕获区间（bed）/获取全部基因（exon）的区间
1，将UCSC的refFlat.txt转换成bed文件基因全长bed refFlat.txt文件示例： hg19.genes.bed文件示例：...

0.2 bioYIYI 0 2
ggplot2 画柱形图
上游数据示例：基因A 结果示例：基因B 两幅图组合在一起示例：累积柱状图示例：柱状图渐变色柱状图上标数字普通柱状图上游数据示例图

0.3 bioYIYI 0 4

两组数据Fisher检验及结果可视化
分析需求/适用场景我们常常要比较N个元素的不同状态在两组间的分布情况，分析富集于一组的元素。那此时就可以对每个元素不同状态在两组的数量进行Fi...

1.9 bioYIYI 0 8
如何提高FFPE变异检测质量？
FFPE测序数据检测变异面临的问题通过对大量样本进行重测序技术（全基因组、全外显子组、目标区域）以剖析癌症的致病机制，挖掘癌症相关的基因是近些...

0.2 bioYIYI 0 2
HER2阳性乳腺癌靶向药
HER2 原癌基因或C-erbB2 编码一个单一的受体样跨膜蛋白，分子量185kDa，其结构上与表皮生长因子受体相关，它在多种癌症中过度表达，包...

0.3 bioYIYI 0 3